EmEditor をお好きなサイズに変更してから、[ツール] メニューから [カスタマイズ] コマンドを選択し、[カスタマイズ] ダイアログ ボックスを表示します。そして、[ウィンドウ] タブで[現在のウィンドウ位置を保存] ボタンをクリックします。