改行を含む文字列を検索しても、検索文字列が強調表示されません。

改行を含む文字列は、強調表示されない仕様となっており、不具合ではありません。EmEditor による文字列の強調方法は、速度を優先するために、基本的に行単位に強調する方法になっているからです。