バイナリ(16進数)でファイルを開くと
30 30 2C 30 31 2C 30 32 2C 30 33 0D 0A 30 30 2C
のようになりますが、編集の過程で一部を削除すると
0 30 2C 30 31 2C 30 32 2C 30 33 0D 0A 30 30 2C
のように表示位置がずれます。
これを CSV や TSV の様なモードで表示できれば見やすくなるのではないでしょうか。
なので、バイナリ(16進数)で開くと
30,31,2C,30,31,2C,30,32,2C,30,33,0D,0A,30,30,2C,
のように表示できるようにするのはどうでしょうか?