いまいちご要望を理解せずに書いている気がしますが…。
var dt1 = new Array(32), dt2 = new Array(32);
for (var i = 1, d = document, n = d.getLines(), idx; i <= n; i+= 4) {
idx = parseInt(d.getLine(i).split('/')[2]);
dt1[idx] = d.getLine(i + 1);
dt2[idx] = d.getLine(i + 2);
}
editor.newfile();
document.writeln(dt1.join(','));
document.writeln(dt2.join(','));
こういうものでしょうか？
JavaScriptを勉強すれば、ご自分でできるようになると思います。