Version 16.9.2 でしたが，今朝 Version 16.9.3 に上げて動作が変わらないことを確認しました。
ツールバーの
Abc
Abc
アイコンを使っていたので，どのコマンドか意識していませんでしたが，[重複行の削除] のほうでした。
[重複行の削除/ブックマーク(高度)] の場合は，期待どおり空行が一つにまとまりました。
当面，実用上は「高度」のほうを使えば用が足りますが，私の環境で [重複行の削除] のほうの動作が意図と違うのであれば（急ぎませんが）解決しておきたいと思います。
ところで，これに関連して，コンテキストメニューだと「高度な操作」の中に [重複行の削除] と [重複行の削除/ブックマーク(高度)] がどちらもあるのですが，プルダウンメニューの「編集」→「高度な操作」には[重複行の削除/ブックマーク(高度)] がありません。
これはそういうものなのでしょうか？