Iniファイル保存版にして、
Dropbox上やGoogleドライブ上にEmEditorを配置してはいかがでしょうか？
既存のフォルダ構成を変更したくない。
というのであれば、
Vista以降であれば、
Windows Vista／Windows Server 2008でシンボリック・リンクを作成する － ＠IT
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/988symlink/symlink.html
これを使うとよいのではないかと思います。