ちょっと自分なりに操作してみたのですが、より悪くなってしまいました。
10.1.1 でインポートとエクスポートより
「すべての設定をINIにエクスポートをする」を実行し、
アップデート後
「INIファイルをレジストリにインポートする」を実行したところ、
バージョンを10.1.1に戻しても色が戻らなくなってしまいました。
ココ数年 EmEditor の設定は変えた覚えがありません。
verilog.eetheme と report.eetheme はまったく同じファイルでした。
EmEditorで比較を行っても同じファイルだと言われます。
取り敢えず諦めました、色が変わったところを手動で変更致します。
お手数をおかけしました。