設定の定義について

表題の通りなのですが、設定の定義についてです。

普通に設定すると、拡張子での判断になるのですが、makefileなどは、ファイル名で設定を変更したいのですが、何かよい方法はないでしょうか？

現状では、
　makefile.makefile
などの拡張子が案内されているとは思うのですが、一般的だと思われる様式に則ると、
　Makefile
というファイル名になってしまうため、毎回設定を変更している次第です。