タスクバー上のトレイ アイコンを自分の好きなアイコンに変更できますか?

はい、できます。レジストリ エディタ(RegEdit.exe)を実行し、HKEY_CURRENT_USER/Software/EmSoft/EmEditor v3/Common を検索してください。TrayIconFile という値を REG_SZ で作成し、アイコンファイルのパスを指定し、TrayIconIndex という値を REG_DWORD で作成し、アイコンのインデックスを指定してください。また、みなづきさんのツール「MnzkTrayIconChanger」を使っても、アイコンを変更できます。こちらからダウンロードできます。