置換の速度が遅いのですが。

[大文字と小文字を区別する] をチェックすると、速度は大きく改善されます。EmEditor では、内部処理を Unicode で行っていますが、Unicodeの文字列の比較では、ä と Ä など、大文字と小文字を区別しない場合にチェックする部分が多くなるため、時間がかかってしまうのです。