HTML、または XML ファイルを保存する際に、EmEditor はUnicode 文字を文字参照 “Numerical Character References” (NCRs – など) として、エンコードすることはできますか?

はい、できます。プロパティの [ファイル] タブにある [保存時…] ボタンをクリックし、[Unicode文字をHTML/XMLの文字参照として保存] をチェックします。© のように名前による実体参照を保存したい場合は、[名前による実体参照を使用する] もチェックします。HTML と XML の設定では、これらのチェックボックスは既定の設定として、チェックされています。しかし、現在、HTML または、XML ファイルを読み込む際、NCR を Unicode 文字としてデコードしたり、表示することはできません。