> 「11」という結果になります。すると、こちらに合わせるほうがいいのではないかと思いました。でも、これも１つの考えにすぎないので、何か他にご意見がありましたら、書いていただけると幸いです
何にあわせるのが良いかといえば、本体の動作に合わせるのが分かりやすいのでは？と思っていましたが、たしかに、JavaScriptでも、ファイルから置換と同じ挙動になりました。
正規表現本来の仕様という理屈は一理あります。
検索する文字列を「^.*$」のように明示的にはじまりと終わり部分を記述したところ、思うような結果を得ることができました。
JavaScriptでも下記に書き換えるとうまく動作しました。
alert( s.replace(/^.*$/mgi,”1″) );
解決策がみつかりましたので、今回の件は仕様の範囲ということで了解いたしました。
本体のほうは、負荷軽減のため、ファイル全体を一括で置換対象にしていないため、動作が違うものだと解釈いたしました。（正規表現で検索する追加行数という項目があることから想像しています）