すません。書いたつもりで、記載漏れがありました。
EmEditor で、設定のプロパティやカスタマイズで、すべてのページを選択すると、それだけ多くの GUI ハンドルを消費します。その違いはありますが、それが原因で、ご指摘のような問題が発生することは、通常は考えにくいです。おそらく、何か他の設定が関係しているのだと思います。[カスタマイズ] ダイアログの [ウィンドウ] ページで、ダイアログ ボックスのフォントは変更されていないでしょうか? もし変更されていたら、[リセット] をクリックして既定に戻してください。
EmEditorは、手順にある通りEmEditorポータブル版を使用して、zipファイルを解凍後に起動して、何ら設定変更せずに動作させております。
マウスツール（ロジクール）をお使いだそうですが、それをアンインストールしてお試しください。ウィルス対策ソフトも、一時的に無効にして、問題が改善しないかお試しください。
マウスに付属の常駐型マウス制御ツールはアンインストール、ウイルス対策ソフトも一時的に無効にしましたが、問題は改善されませんでした。
一つ上の私の返信の通り、あとは、私自身で対応します。
よろしくお願いします。