[yunoki]

逆の発想になりますが、強調されないように努力するのではなく、「変数を強調表示」するように追加すれば実用的だと思います。
実際私はそうしています。

また、sub xxxx で元の関数をかぶる名前でサブルーチンを作った場合についてですが、EmEditorの仕様以前に、プログラムの開発のマナーとして非常にトラブルを招きやすい手法ですので避けた方が良いのではないかと思います。