gen 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
レジストリ ファイルを送っていただき、ありがとうございました。
こちらで再現テストを行なったのですが、残念ながら、再現しませんでした。
EmEditor を終了するときの、何かタイミングの問題だと思います。
[カスタマイズ] の [ショートカット] タブで、[EmEditor の高速起動] をチェックしてみることもおすすめします。また、タブを使用している場合は、タブを無効にしてみることもおすすめします。[ウィンドウ] メニューの [タブを有効にする] のチェックがあります。
これでも問題が続くようでしたら、やはりプラグインの作者さんに連絡してみることをおすすめします。
他にも何かご質問がございましたら、ご遠慮なくお知らせください。
今後もよろしくお願い申し上げます。