お疲れさまです。
あるEUCのドキュメント（javaソース）の改行コードをそろえようと、名前をつけて保存しようとしたのですが、
・日本語（JIS 1バイト カタカナ可）が選択される
・EUCを選んで保存しようとすると、「失われてしまう文字が含まれている」云々のメッセージが表示される
・エンコードの選択画面が出たので、現在のエンコードで保存を実行を選択
すると、EmEditorが落ちました（ダイアログ等なにもありません）。
保存されたファイルを見てみると、全角が全部??になっているようでした。
backupファイルはできていたので、今度は日本語（JIS 1バイト カタカナ可）のまま保存してみたところ、問題なく保存できました。
ただし、エンコード（右下に表示）はEUCのままです。
どういう状態でしょうか。
実際にEUC範囲外の文字が含まれているとEclipseの保存でエラーが出ますので、エラーにならない以上文字に問題はないはずです。
その後、Shift_JISのものを名前をつけて保存しようとしたら「韓国語（ISO）」が選ばれていました。