nayaです。三連投スミマセン。少し勘違いがありました。
ファイル→閉じる イコール EmEditorの終了ではないのですね。
（ツール→カスタマイズ→ウィンドウタブで
「最後の文書を閉じる時ウィンドウを閉じない」を
ONにしている影響かもしれませんが。）
EmEditorの終了は、
ファイル すべて閉じる Alt+Shift+X すべての文書を閉じます。
が該当するのでしょうね。
7.01は、「Alt+F4」で「すべて閉じる」ができていたのですが、
7.50 alpha 3 では、「Alt+F4」で「すべて閉じる」ができなくなっています、
というのが不具合報告になるのかもしれません。
