yunokiさんは書きました：
snowさんの報告と一部かぶりますが、
>-文字色と背景色に「透明」の追加した際に発生した不具合の修正前回も指摘したことが改善されていないようです。
行番号、ルーラの背景が透明になる
http://jp.emeditor.com/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=thread&topic_id=322&forum=12&post_id=1347#forumpost1347
こちらでも再現し、 beta 10 では修正されます。どうもありがとうございます。