ファイルから置換で、強制終了になります。
beta32のころから発生していますが、再現方法を伝えにくく報告していませんでした。
テキストファイルを開く。
そのページある文字を対象文字にしてファイルから置換を行う。（日本語でも英字でもOK）
強制終了の窓がでる。
閉じるボタンなどでは閉じなくなる。
タスクバーのEmEditorを右クリックして閉じるを選んで閉じられる。
強制終了したあと調べてみると対象の文字を含むファイルは複数あっても、開いていたファイルだけが処理されています。
置換作業は基本的に終了していましたが、ファイルの最後に、テキストが何行か追記された状態になっていておそらく最後の1行のところだとおもわれますが、バイナリが追記されています。