私も時々発生したので、イタズラがてら色々試してみました。
インストールフォルダ内のテンプレートファイル(template.cpp 等)を削除して、マイマクロフォルダ内に保存してある jsee ファイルを、エクスプローラからダブルクリックで起動すると、セットアップが起動されてしまいます。
ただし、jsee や vbee のファイルを起動した場合のみで、手動で関連付けているファイルは正常に開けます。
テンプレートファイル(template.cpp 等)も、必須モジュールとして認識されているようですが、そういうものなのでしょうか？
ちなみに、インストール直後は、HKEY_CLASSES_ROOTjseefilesshelleditcommand に command という REG_MULTI_SZ の項目が存在しています。
この状態だと、上記の現象が出ます。
エクスプローラから[ツール]→[フォルダ オプション]→[ファイルの種類]で、拡張子 jsee の詳細設定(V)→編集(E)を開き、OK ボタンを2回クリックすると、上記レジストリの項目が削除されました。
この状態で jsee ファイルを開くと、上記現象は発生しませんでした。