[takuya]

すべてを置換ボタンの場合グローバルマッチが基本なので、すべてを置換ボタンを押していませんか？

まず、選択範囲を作ってからすべて置換してみてはいかがでしょうか．
または、検索ダイアログで見ながら検索＆置換ボタンを交互にクリック連打してみてはいかがでしょうか

改行はn（エスケープシーケンス使用にチェック状態で）を入力すれば選べます。

行末は正規表現を使用にチェックした場合で”$”です。なので、

あ」あ」あ」」」
い」い」」」」

の場合は， 」$を指定すればいいでしょう