ご回答ありがとうございます。
試してみたことを報告します。
・[フォルダ]の設定およびeeCommon.iniのMacroFolderは、マクロのカスタマイズの設定の前後で「.macro」となっており、変化していませんでした。
・v11.0.2に更新してみましたが、上記の状況が発生しました。
・EmEditorでeeCommon.iniを編集したところ、上記の状況が発生しました。
・Windowsのメモ帳でeeCommon.iniを編集したところ、上記の状況が発生せずにマクロのカスタマイズの設定を変更できました。
・メモ帳で「.macro」を絶対パスに変更してみましたが上記の状況は変わりませんでした。
よろしくお願いします。