Sora 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
前半の設定の削除については、こちらでは再現しませんでした。以前の設定が残っていて問題が発生している可能性があるので、一度、[ソリューション テンプレート] ダイアログで、[すべてリセット] ボタンを押してから、試していただけると幸いです。ご迷惑をお掛けして申し訳ありません。
後半のマクロの削除については、こちらでも同じように動作します。設定Aのマクロnを削除すると、設定Bのマクロnが削除されるのは正しい動作です。
マクロの設定データをレジストリに保存しているのは、その方が動作が速くなるからですが、将来的に検討します。
どうぞよろしくお願い申し上げます。