なるほど、マクロ名が共通なのは仕様なわけですね。おっしゃるとおりにドロップダウンの削除で消せなかった設定は、ソリューションテンプレートのすべてリセットで消えました。
しかし、改めて登録してみたのですが、以下の症状が出ます。
例：
１）設定を２つ作成
２）それぞれに マクロn：値-i、マクロm：値-pを設定
３）どちらかの設定のマクロmを削除（もう片方も消える）
４）OKを押してプロパティのダイアログを閉じる
５）再び、プロパティを呼び出すと削除したマクロは消えている
６）Emeditorを再起動してプロパティを呼び出すと
削除したマクロが復活している
