[jinsei]

ファイルはどのようにして開いているのでしょうか? もし、EmEditor の「ファイルを開く」ダイアログ ボックスからファイルを選択して開いている場合は、「エンコード」ドロップダウン リスト ボックスで、正しいエンコードを指定していることを確認してください。

関連付けてエクスプローラのダブルクリックです。
同じ拡張子で正しく判定できてるファイルもあります。
開いた後にファイル-読み直し-日本語(自動選択)で誤選択してるので、判定アルゴリズムの問題と考えています。