江村様
いつもお世話になっております。
yasujiです。
これは、使用されているフォントのデザインの問題です。設定のプロパティの [表示] ページの [行間] で調節可能です。ここには -1 のように負の値を入力することもできます。
冒頭に「Windows標準のメモ帳(notepad)で同じフォントを設定した場合の表示には不自然な表示はない。」と記載したのは、フォント特有の表示を考慮するために、メモ帳の表示状態を基本にして、その表示状態と比較してEmEditorは明らかに行間の空白が大きすぎるので、表示不具合だと説明しています。ちなみに、サクラエディタ32bit Ver. 2.4.2.6048 Appveyor (a3e63915b)でも、メモ帳とほぼ同じ状態で表示されます（この程度の表示であれば何の問題もありません）。
修正を拒絶する理由は、修正工数が大きすぎてかつ複雑なため、やりたくないからでしょうか？
それとも、過去の「#31387 – 〔要回答〕報告済：検索（置換）ウィンドウの動作不具合」と同じ理由でしょうか？
記載漏れだと思いますが、下記の修正もお願いいたします。
（３）半角空白（U+0020）の記号が縦方向に伸びて表示される（Windows標準のＭＳ ゴシックを基準）
よろしくお願いします。