ご回答ありがとうございます。
ベータ版 22.0.916 で確認しましたが同じ現象が発生します。
ただ、インストール完了の画面で、「EmEditor (64-bit) を起動する」にチェックが入った状態で完了ボタンをクリックして起動した状態であれば比較メニューが選択できる状態になりました。
一度終了してもう一度起動した場合は直接比較がグレーアウトされています。
バージョン 22.0.1 でも確認しましたが同じ状況です。
現象が発生する手順としては、EmEditorを起動「123」を入力→Ctrl+Nで新規タブを開く→「123」を入力、この時点で直接比較がグレーアウトされています。
なお、インストールの際に、プラグインをインストールしないようにカスタマイズしていますが影響あるでしょうか？
よろしくお願いいたします。