いつもお世話になっております。江村です。
ポータブル版の場合、.txt ファイルとの関連付けは自動的には行われないため、お客様の方で、何等かの方法で、関連付けされているのだと思います。
c:\abc.txt を EmEditor で既に開いた状態で再度エクスプローラーから abx.txt を開いた場合、
と書かれていましたので、その関連付けの方法の違いにより、ポータブル版の挙動が異なっているのだと思います。どのようにして関連付けられているのか、詳細に教えていただければ幸いです。また、ポータブル版とインストーラー版の両方をインストールしていると、このような難しい問題が発生する可能性はあると思います。どちらか片方のみをインストールして使用するようにしてください。
よろしくお願いいたします。