[TM]

インストーラーで EmEditor でインストール後、旧環境の設定を他の PC で見ながら再設定することで復旧いたしました。
そのあとポータブル版にしても同じファイルでも複数ウィンドウで起動することが無くなりました。

少々納得は行きませんが、ポータブル版とインストーラ版で挙動が違うことがあるってのは勉強になりました。

ありがとうございました。