Windows 10 Pro
21H2 19044.1526 Windows Feature Experience Pack 120.2212.4170.0
解像度3840×2160 スケール150%で利用しています。
いろいろ試してみたのですがPCの電源を入れてからモニタを繋ぐ（実際にはモニタ切替器を利用）と起きることがわかりました。
そしてPCを再起動するか、もしくはEmEditorの本体とトレイアイコンを両方とも終了して再びEmEditorを起動してトレイアイコンの表示を有効にすると直ることもわかりました。
ただ同じ状況下でも他のアプリのトレイアイコンメニューはスケール設定に追従してくれていまして、
EmEditorのタスクトレイアイコンメニューだけスケール100%固定になっているのが気になった次第です。（この状態でスケールを弄ってもEmEditorだけ変化しません）