ツール→カスタマイズ→CSV→検出最小区切り数あたりで設定が可能だと思います。
細かい設定はわかりませんが
https://jp.emeditor.com/forums/topic/cav%e3%82%bb%e3%83%ab%e9%81%b8%e6%8a%9e%e3%83%a2%e3%83%bc%e3%83%89%e3%81%ae%e8%a1%8c%e5%89%8a%e9%99%a4%e6%99%82%e3%81%ae%e5%8b%95%e4%bd%9c%e6%94%b9%e5%96%84%e3%81%aa%e3%81%a9/#post-22488
このあたりが参考になるかもしれません
