江村様
補足です。
> 2つ以上の異なるバージョンの EmEditor を使用していて、既に起動されている EmEditor が最後にインストールされた EmEditor のバージョンと異なる場合には、ご指摘の現象が発生する可能性はあると思います。
これは該当しません。
> また、既に起動している EmEditor にダイアログ ボックス (一部を除く) が表示されている状態で、別の EmEditor を起動すると、別のグループとして表示されるようになっています。
これは今回のケースだと多少関係しているかもしれません。
再現手順を更に追加しました。
1.hoge.exe→hoge.txtにリネーム
2.a.txt、hoge.txt の2つを選択してEnter or 右クリック→実行 or 右クリック→EmEditor
3.a.txtとhoge.txtが別のグループで起動される
4.hoge.txtを閉じる
5.別グループのa.txtを閉じる
6.別のテキストファイルa1.txt、a2.txt、a3.txtをEnterで開く（右クリック→開く）
7.a1.txt、a2.txt、a3.txtはすべて別々のグループで開かれてしまう。
なお、hoge.exeは適当なexeファイルで、a.txt、a1.txt、a2.txt、a3.txtは空のテキストファイルです。
よろしくお願いします。