江村様
EmEditorを再起動（すべてのファイルを一旦閉じて再度起動）したところ、発生しなくなりました。
なお、プロセスは正しい表現ではありませんでした。新しいグループ、というのが正しいです。
・カスタマイズ：高速起動ON/OFFいずれでも発生
・EmEditorで3つのファイルを開いていた
・エクスプローラーで5個のファイルを選択し、右クリックのコンテキストメニューからEmEditorを選択
・右クックした以外のファイルは既存のグループで開かれた
・右クリックしたファイルだけ、新規グループで開かれた
という状況でした。
また発生するようなことがあれば手順を確認してご連絡したいと思います。
