tom86 様
いつもお世話になっております。
ファイルをお送りいただき、ありがとうございました。エクスポートしたファイルのすべて (AppData を含む) を zip に圧縮してお送りいただきたかったのですが、exported.reg ファイルだけが含まれていました。このファイルだけをインポートしてみましたが、問題は再現できませんでした。
もしかして、バックグラウンドで、他のアプリが実行されているということはないでしょうか? 以前も似たような症状で別のお客様から質問をいただいて、他のアプリを閉じることで解決したことがあります。一度、すべてのアプリを閉じて、Windows を再起動して、EmEditor だけを実行して、お試しください。
よろしくお願いいたします。