お世話になっております。
EmEditor v19.1.91 に更新いたしました。
※念のため、更新したときは毎回Windowsを再起動してから試しております。
・v19.1.91
・CFCIS はレジストリキーを削除
・LocalFileTimeError はレジストリキーを削除
を試しましたところ、同様の現象が再現します（読み直しますか？ のメッセージが表示されます）
そこで、次のことを試しました。
・v19.1.91
・CFCIS のレジストリキーは無し
・LocalFileTimeError の値を以前ご指定の値に設定
を試しましたところ、同様の現象は再現しません（改善されています）
LocalFileTimeError の値が設定されていると、状況が改善されるようです。
よろしくお願いいたします。