お返事が遅くなり申し訳ありません。
おっしゃる通りネットワーク上のファイルを開いたとき発生しますが、
ファイルサイズが小さくても発生します。比較的大きなファイルのケースは未確認です。
また、編集して保存の操作を行わずに、既存のファイルを開いただけでも発生します。
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test file
テストファイル
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上記の点線で囲われた内側の内容を
テスト.txt というファイル名で保存し（4行、29 バイト、日本語（シフト JIS））、
このファイルを開くと発生します。再現率は100％です。
※試していたら偶然再現したファイルです。
Windows 10 Pro バージョン 1809 の「ネットワークドライブの割り当て」を用いて
ネットワークドライブをマウントしたフォルダに、上記のファイルを置いたときに再現しています。
逆に、他の場所（C:ドライブなどの、ネットワークドライブ以外の場所）では再現いたしません。
【参考情報】
ネットワークドライブの元となるファイルサーバーを提供しているのは
Samba version 4.3.1、OSは CentOS 6.10 です。
ディスクは全てSSDです。
また、セキュリティソフトが動いているときに起きるかなと思ったのですが、いつ試しても起きるので
あまり関係なさそうです。
EmEditor 18.6 では一度も起きたことがない現象なので、そのあたりに手掛かりがあるかもしれません……。
よろしくお願いいたします。