確認が遅くなりました。すみません。
EmEditorで正式版リリースのみダウンロードするようにしていたのでベータ版のリリースに気づきませんでした。
可能なら個別の（こちらの）スレッドに ご案内いただけると助かります。こちらのスレッドのみ定期的に見ていました。
確認とフィードバックと改めての要望を以下に書きます。
１．暗黙的な動作の変更を行ったのみで、設定画面にはオプションの追加はしていない
という事でよろしいでしょうか。
どこをどう変えたのか、やはりこちらのスレッドにご説明いただけると、こちらの確認範囲が明確になるため、きちんと書いてください。
どこが変わったのかなと、こちらが調べるのは無駄な手間です。
確認するほうの手間を減らす(勝手な理解による誤解を防ぐ）ための配慮(変更箇所をご説明いただく）をお願いします。
２．変更内容は #28424 の記述の通りでしょうか？
まず、現時点のベータ版で不具合があります。
#28422 の操作をすると、「複数選択はすべて空です」のメッセージが出ます。（ここまではおっしゃる通りの動作なのでOKです）
そのダイアログを閉じると、なぜか1行削除される動作が起きるケースがありました。
どういう状況か今のところ把握できず、説明ができませんが、今回この件は私にとっては重要でないので調べることは致しません。3．を確認お願いします。
３．現時点での範囲選択をした状態での「重複行を削除」の動作結果は重複「行」を削除をしているわけではない。(重複していない「行」まで削除を行っているので不自然 ）
範囲選択をしていようが、普通に複数行選択をしていようが、「行」に対する処理となっていないと「重複行を削除」の表示から受ける印象と異なり不自然に感じます。
(英語版とかだと、印象が違うんでしょうか？）
本当の希望は、デフォルトの動作を以前の状態へもとに戻していただくことです。
しかしながらすでに正式版に組み込んでしまった機能ですからデフォルトの動作はこのままでよいので過去の動作に戻るようにオプション設定をお願いします。
過去の「重複行を削除」の動作とは、「矩形選択かどうかによらず、選択された行に対して、１行全体の内容をそれぞれ比較して行をユニーク化する」です。
以上、ご確認よろしくお願いします。