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私も開発をしたことがあるので、そういうことで何日も悩むことがあり 気持ちはわかります。

開発とはいえ畑違いの素人の考えですが「 emedshl.dll または emedshl64.dll 自体がが更新されていない」環境でアップデートを実行したならば、システムの設定変更の処理をスキップしてしまえばよいのではないでしょうか？ 　すでにそうされているのかもしれませんが。。。