お返事ありがとうございます。
念のため確認をさせて頂きたいのですが、
上記のような私の書きましたケースの場合には、[一時ファイルを使う最小ファイル サイズ]の値を,
ファイルサイズより小さくすると、改善する（改善する可能性がある）という認識でよろしいでしょうか。
また、報告となりますが、その後、
上記の値は変更しておりませんが、メモリ使用量25GB時にEmEditor起動時に500MBのファイルがワークスペースで正常に復元されるなど、各ファイルが正常に復元されるようになりました。
ただ、最初の報告時から設定や環境はまったく変更していないにもかかわらず、
なぜ上記のB)では復元されなかったのに、更にメモリを大きく使用時に大容量のファイルなどで復元されるようになったのかが不明です。
念のため報告とさせて頂きます。