[seea]

お世話になっております。

本件はATOK側の問題である可能性が高いようです。
EmEditorの問題ではありませんでした。失礼いたしました。

「カーソル位置前後の文章を参照して変換する」をONにすると、
エディタやWord系のアプリが落ちる場合がある障害が発生し、
OFFにすると障害は発生しません（不具合を回避できます）。

ATOKのツールチップの問題は、修正ありがとうございます。
EmEditorの最新版を試してみます。