失礼しました、仰るようにマルチディスプレイ環境となります。
なるほど、画面を目視した限りでは確認出来ませんでしたが、モーダル ダイアログ ボックスが画面外に表示されている可能性があるということですね。
マルチディスプレイ環境を崩して、一つのデスクトップにして運用、報告できれば良いのですが実用上難しいです。申し訳ありません。
モーダル ダイアログ ボックスというのを初めて耳にしまして、調べてみましたが、
このダイアログが出ている状態で、EmEditorのセルがクリック出来てしまうものなのでしょうか。
このように書かれていたので、セルのクリックなども出来なくなると思いましたので。。
>モーダルダイアログを出している間は他の操作を行えなくなるため、ダイアログボックスを出してから別の操作を行いたくなった場合には、いったんダイアログボックスを消してから別の操作を行うという二度手間になる。
>この「二度手間」という問題点はシステムモーダルダイアログでは特に深刻で、ダイアログボックスを処理するまでは他のアプリケーションソフトの操作すらできなくなってしまうため、とてつもない不便をユーザに強いることになる。
http://e-words.jp/w/%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%80%E3%83%AB%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%A2%E3%83%AD%E3%82%B0.html
もし、改善の余地がありましたら検討を頂ければと思いますが、
発生は希ですので、とりあえずはEmEditorの再起動で回避しようと思います。
また、エラー発生時には、仰るようにタスクマネージャーから使用メモリやハンドル数を報告させて頂こうと思います。