loop bridge 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
インストールのカスタムで設定する情報は、EmEditor 本体の設定ではなく、インストーラーの設定になります。そこで、インストーラーで保存されているため、通常の EmEditor のレジストリ キー HKEY_CURRENT_USER\Software\EmSoft とは異なる場所に保存されています。
一度、カスタム インストールでインストールし、その際に、不要な言語のチェックを外しておけば、次回からインストール時には最初のインストールの設定が引き継がれていくはずです。
よろしくお願い申し上げます。