こちらも Windows 7 Professional SP1 でした。
「Windows の言語の設定」というのは，「システムロケール」でいいのでしょうか。でしたら「日本語」になっていました。
四ヶ月くらい前に新規購入したマシンです。以前教えていただいた，レジストリーの FontLink\SystemLink の設定を「Inconsolata」というフォントについて変更した以外は，とくに何か変わった設定を行った記憶がありません。
EmEditor のバージョンは Version 14.4.0（64bit）です。
濁点がちょうど 1 字ぶん右にずれるのは，
- MS明朝，MSゴシック
- IPA明朝，IPAゴシック，IPAmj明朝，IPAex明朝，IPAexゴシック
- ヒラギノ角ゴ Pro W5
- ＤＦＰ平成ゴシック体W5
- A-OTF 新ゴ Pro R
- Rg本明朝M
などなど，試したほとんどの和文フォントが当てはまります。OpenType フォントも，古い TrueType フォントもですね。
一方，「は」の右あたり（さほど悪くない位置）に濁点の来るフォントとしては，メイリオ，Meiryo UI，Koruri（小瑠璃）などがありました。