開発お疲れ様です。
その中に指定してあるのは、自分のプロジェクト内にJavascriptがある為、それを除外する「–languages」と使用している言語のシンボル表示を指定する「–<LANG>-kinds」のみです。その何方も機能しています。その他にも設定したいオプションあるので、上記も含めて一緒にctags.cnfに記述したいのです。「Ctagsへの追加パラメータ (高度な設定)」内にそれらを記述するには、長くなり過ぎて少々不便なのです。
EmEditorのPluginディレクトリ（ctags.exeがあるディレクトリ）やプロジェクトのディレクトリにそのctags.cnfのファイルを入れたら読み込むのかと思ったのですが、そうでもないみたいなのでお伺いしました。EmEditorとは直接関係ない話で恐縮ですが、ご教示願えると助かります。