＞XML コメントのカラー対応 (グレー)
は、ひょっとして
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/b2s063f7%28VS.80%29.aspx
のことで、この部分をグレーにして、コメントとは異なる色にしたいということでしょうか。
もしそうであるなら、確かに今のEmEditorではできないかもですね。
・行コメントの２個目に /// を指定すると、コメント行と同じ色になる。
・強調(1)で (行の右を強調付きで) /// を指定しても、行コメントのほうが優先され、結局コメントと同じ色になる。
（試した限りでは）という状態なので。
ほかの、デフォルト色変更系に関しては、各々が設定変更すべきことかと思います。
＞・MouseDown 後 ( Up 前) に Alt を押下しても箱型選択にならない。
これには賛成できますね。
しかし、私的にはキーボードでの箱型選択の非互換性のほうが気になるところ・・・
（プラグインである程度どうにかしてますが）