お世話になります。
こちらの症状に似たことが、Ver9.16ですが出ているのでご報告します。
Obaさんと同じくWindows 7 Pro 64bitで利用しています。
いくつかのファイルをemeditorで開いた後（6くらい）
デスクトップ、エクスプローラでファイルを開こうとすると、開かなくなります。
ダブルクリック、プログラムから開く、送る、emeditorで開く、
などすべてNGでした。
ちなみに、FFFTPにemeditorをプログラム登録してあり、それで開いてみると開きました。
emeditorで開いている文書を、一旦すべて閉じると開けるようになります。
メモリかとも思いましたが、4G中2G余っている状況でした。
互換性設定はすべてチェック無しです。
以上です。
よろしくお願いいたします。