[ogunity]

EmEditorの「カスタマイズ」ダイアログボックスについてもう少し調べてみました。
A 「ファイル」ページの「EmEditorと関連付け」
B 「タブ」ページの「マウスの設定」
C 「タブ」ページの「メニューを変更」
D 「ショートカット」ページの「さらに多くのショートカット」
上記、A と D で無応答になり（まれに発生しないこともある）、B と C では問題は起きませんでした。A と D の共通点はボタンに「盾」があって UAC が許可を求めてくる点になるので、UAC が怪しいような？