hoso 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
確かに、90万文字以上の行があると、編集時に落ちてしまうことを確認しました。
しかし、これは FunctionList プラグイン側で修正していただかないと、EmEditor 本体で対応するのは難しいかと思います。プラグインの作者さんに連絡していただくことをおすすめします。
もし可能なら、本体に標準で付属しているプロジェクト プラグインを使用してください。こちらもシンボル一覧を表示することができます。
他にもご質問やご意見がございましたらご遠慮なくお知らせください。
今後もよろしくお願い申し上げます。