jinsei 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
色の設定に問題がないようでしたら、すべての設定のプロパティの [スクロール] タブで、[水平グリッド] と [水平罫線] にチェックが付いていないかどうか確認していただけますか? もしチェックが付いていたらチェックを外してみてください。
関連付けについては、前に書いた方法以外、簡単にすべてを直すという方法はありません。どうぞご了承ください。将来的には、関連付け全般について改善を検討したいと思っています。
他にも何かご質問がございましたらご連絡ください。
どうぞよろしくお願い申し上げます。