大した問題ではないかもしれませんが、一応報告です、
今日OS(XP SP3)を再セットアップ後、v9.16をインストール→アンインストール(レジストリを全て削除)→v10 RC 2 (9.90.11)をインストールしたところ、IE8のツール→インターネットオプション→プログラムタブのHTMLエディタのドロップダウンメニューにEmEditorが現れません。IE8でソースを表示させようとちゃんとEmEditorが起動するのですが。
(すみませんが、どこの手順でおかしくなったのかまでは深く検証していません。)